יש איסור מן התורה לגרום צער לבעלי חיים, כפי שנאמר בספר שמות (פרק כג פסוק ה): "כִּי תִרְאֶה חֲמוֹר שֹׂנַאֲךָ רֹבֵץ תַּחַת מַשָּׂאוֹ וְחָדַלְתָּ מֵעֲזֹב לוֹ עָזֹב תַּעֲזֹב עִמּוֹ".
חז"ל למדו מפסוקים אלו בכמה מקומות (כגון בבא מציעא דף לב עמוד א, ובמקומות נוספים) שיש חיוב על האדם לדאוג לכך שבעלי החיים לא יסבלו.
חלק משבע מצוות בני נח היא לא לאכול אבר מן החי, דהיינו לא לאכול חלק מבעל חיים בעודו חי, אלא מותר לאוכלו רק לאחר המתתו, בטעם מצווה זו כתב הרמב"ם (מורה נבוכים חלק ג פרק מח): "הוא היותו מקנה ומלמד אכזריות".
התורה מדגישה שמותר לאכול את בעלי החיים (בראשית פרק ט פסוק ג) כָּל רֶמֶשׂ אֲשֶׁר הוּא חַי לָכֶם יִהְיֶה לְאָכְלָה", אך כאמור, אכילה זו חייבת להיות באופן שאינו אכזרי.
איסור זה, שאין להתאכזר לכלל בעלי החיים מובא בפוסקי הלכה רבים, לדוגמא רבי יחזקאל לנדא, בספרו נודע ביהודה יצא חוצץ כנגד אנשים היוצאים למעות ציד שונים, מכמה סיבות, אחת מהן היא העובדה שהדבר גורם לצער מיותר לבעלי החיים, כלשונו:
"ואמנם מאד אני תמה על גוף הדבר: ולא מצינו איש ציד רק בנמרוד ובעשו, ואין זה דרכי בני אברהם יצחק ויעקב, ואיך ימית איש ישראלי בידים בעלי חיים בלי שום צורך, רק לגמור חמדת זמנו להתעסק בצידה? ומי שהוא איש הצריך לזה, ופרנסתו מצידה כזו, בזה לא שייך אכזריות, והרי שוחטים בהמות וחיות ועופות, וממיתים דגים לצורך האדם, ומה לי טהורים שיאכל מבשרם, ומה לי טמאים שיאכל ויפרנס עצמו מדמי עורותיהן, אבל מי שאין זה לצורך פרנסתו, ואין עיקר כוונתו כלל בשביל פרנסתו, הוא אכזריות. השומע לי ישכון בטח השקט ושאנן בביתו, ולא יאבד זמנו בדברים כאלה". כלומר, מותר בהחלט להשתמש בבעלי החיים לצורכו של האדם, אך אין להתאכזר אליהם.
אם כן, מכיוון שאופן אספקת המזון לכלל האוכלוסיה היא על ידי ייצור בשר וביצים, אין כל מניעה לייצר אפרוחים ככל הדרוש לאספקת ביצים, גם אם ההשלכה לכך היא השמדת האפרוחים הזכרים, אלא שהשמדה זו חייבת להיות באופן שיבצע את ההמתה באופן המהיר ביותר, והמינמלי ביותר מבחינת יצירת הכאב לאפרוח.
משרד החקלאות מציע לצורך השמדה זו מספר פעולות שונות, ריסוק, המתה בגז או המתה בחשמל, יש לבחור בפעולה שמונעת את סבל האפרוחים באופן המלא ביותר.
בנוסף לכך, על מנת להמשיך ולמנוע את סבלם של האפרוחים, על משרד החקלאות להשקיע משאבים מחקריים וכלכליים על מנת לחפש דרכים שיצמצמו סבל זה, כגון: זיהוי האפרוח בעודו בביצה, אם הוא זכר או נקבה, ולהשמיד את הביצים שבהם יש אפרוח זכר עוד לפני הבקיעה, וכן, להמשיך ולחפש שיטות שיצמצמו את סבל האפרוחים לאחר בקיעתם מהביצה.
בנוסף לכך, בתהליך הטיפוח הגנטי, לברור זני תרנגולות בעלי אורך חיים רב יותר, ובעלות הספק הטלה רב יותר, על מנת לייצר כמות קטנה יותר של אפרוחים בכל שנה.
