'הקרן החדשה לישראל' מנהלת מאבק רחב היקף במטרה לשנות את צביונה היהודי-ציוני של מדינת ישראל ולהפוך אותה למדינת כל אזרחיה. יש לציין כי מדובר במגמה ברורה ומוצהרת של 'הקרן החדשה' שצוטטה כמה פעמים על ידי אישים בכירים בקרן. יתר על כן, עוד בשנת 2003 חשפו רן ברץ ומשה איפרגן שלל מסמכים פנימיים של 'הקרן החדשה', המוכיחים כי היא פועלת להפיכת ישראל למדינת כל אזרחיה, להפרדת דת ומדינה ולשינוי פנימי באורתודוקסיה.
מאמצי 'הקרן החדשה' להפיכת ישראל למדינת כל אזרחיה מתמקדים בעיקר בשני מישורים – דה- לגיטימציה למדינת ישראל ולצה"ל וקידום הרפורמה ביהדות. באמצעות פעילותה במישור דה-לגיטימציה, מנסה 'הקרן החדשה' לערער את זהותה הציונית של מדינת ישראל עד כדי הפיכתה למדינה רב-לאומית. (נושא זה יורחב בנספח 1). באמצעות פעילותה במישור הרפורמה ביהדות, מנסה הקרן לערער את זהותה היהודית של המדינה. לשני המישורים הללו יש בסיס ערכי משותף, כפי שביטא בדבריו גלעד קריב, מנכ"ל התנועה הרפורמית בישראל: "יש ויכוח בין שני מחנות על דמותה של מדינת ישראל. כל מי שעוסק בצדק חברתי או בסכסוך הישראלי פלסטיני צריך להבין שיש פה בסיס ערכי משותף וצריך לשאוף לסולידריות ואיחוד מאבקים" (15.06.2016).
תמיכתה של הקרן במאבק לשינוי זהותה היהודית של המדינה ובקידום עמדות שמאל רדיקליות, אינה מבטאת אחוז קטן מפעילות הקרן, כפי שגורמים שונים טוענים לעיתים. מחקר שערך העיתונאי עקיבא ביגמן (פורסם בשנת 2014), גילה כי קרוב למחצית מתקציב 'הקרן החדשה לישראל' מוקדש להפיכת ישראל למדינת כל אזרחיה. בנוסף, למעלה מ 75%- מתקציב הקרן מופנה למימוש מטרות פוליטיות המזוהות עם השמאל הרדיקלי. מחקר זה ממחיש עד כמה אינטנסיבית פעולתה של 'הקרן החדשה' להביא לשינוי זהותה היהודית של המדינה. חוברת זו תוקדש לזירה אחת מבין הזירות בהן פועלת הקרן לשינוי זהותה של המדינה – פעילותה לשינוי פניה של הציונות הדתית.
