הקרן החדשה כבר מזמן לא מסתפקת רק בתקיפת הציונות הדתית מבחוץ. עכשיו היא בתוכנו. ארגונים המזוהים עם הציונות הדתית גוייסו לשורות הקרן כדי 'להשפיע מבפנים' ולהביא לשינוי עמדות בציבור הדתי-לאומי.
הפרדת הדת מהמדינה, קידום נישואים אזרחיים, חיזוק הרפורמים – אלו המאבקים שבהם משתתפים ארגונים דתיים, כתף אל כתף עם הקרן החדשה.